감사원에서는 1998. 6.22.부터 같은해 7. 2.까지 서울 및 부산세관에 대하여 실지감사를 실시하고, 같은해 8.25. 개최한 감사위원회의에서 감사결과를 의결하여 재정경제부등 관계기관에 통보하였다

<감사결과 주요내용>
<전지분유 수입 심사업무 부당처리>
양산세관에서 97년 12월 13일 모 업체가 수입신고한 전지 분유 40톤의 수입신고서(신고 관세율 40%)를 수리하면서 전지분유는 관세법 제7조 제3항 및 세계무역기구(WTO)협정 등에 의한 양허관세규정 제6조의 규정에 따라 시장접근물량 양허관세적용 추천을 받은 물량은 양허세율 40%를, 추천받지 아니한 물량은 206.8%를 적용하게 되어 있으므로 수입신고서에 첨부된 양허관세적용 추천서상 물량과 수입신고 물량을 대조·확인하여 수입추천물량 34.9톤을 초과하여 수입한 5.1톤에 대하여는 206.8%의 세율을 적용하여 부족하게 신고한 관세를 부과하였여야 함에도
양허관세적용 추천서를 확인하지 아니한 채 수입신고 된 40톤 모두 양허관세적용 추천을 받은 것으로 신고된 신고서를 그대로 수리하였기 때문에 관세 19,074,700원을 부족하게 징수한 사실이 있어
양허관세 추천서를 검토·확인하지 아니하고 수입신고서를 부당하게 수리한 담당계장 등 2명을 징계처분하고 부족징수한 관세 20,982,170원(가산세 포함)을 부과징수 조치하도록 관세청에 요구
<매니옥전분 양허관세적용추천 부당승인>
농림부 본부에서 1997년 8월 26일 부산광역시 동래구 소재 모 복지공장이 수입하는 매니옥전분 30톤에 대하여 시장접근물량 양허관세적용 추천을 승인하면서 매니옥전분의 양허관세적용 추천대상자는 매니옥전분을 원료로 하여 방직용, 제지용 호부제를 생산하는 업체중 한국제지공업연합회장이 정하는 업체에 한하도록 되어 있으며 위 복지공장은 도배용 풀 제조업체로 매니옥전분의 양허관세 적용 추천대상업체가 아닐 뿐 아니라 위 전분을 수입하여 도배용 풀을 제조하여 판매할 것이라는 것을 알고 있었음에도
사용용도를 고강도 접착제 시험·분석용으로 양허관세적용 추천승인을 하여줌으로써 위 복지공장 에서는 위 매니옥전분을 수입하여 시험·분석용이 아닌 도배용 풀 제조용 원료로 사용하는 등 특혜를 준 사실이 있어
양허관세적용추천 승인업무를 부당하게 처리한 담당자 등 2명을 징계처분 하도록 농림부에 요구
<부가가치세 과세자료(선하증권 양도자료) 미수집>
국세청 본청에서 부가가치세 과세자료를 수집· 활용하면서 선하증권의 양도는 부가가치세법 제6조에 규정된 재화의 공급에 해당되고 부가가치세기본통칙 및 국세청 질의회시 등에 의하여 부가가치세 과세대상이므로 각 세관으로 부터 선하증권 양도자료 등을 수집하여 부가가치세 과세자료로 활용하여야 함에도
97년 1월 1일부터 1998. 4.30.까지 사이에 각 세관에서 수입신고수리시 신고자들로부터 받은 선하증권 양도자료 9,162건(수입신고금액 계 7,401억원)상당을 부가가치세 과세자료로 수집 및 활용하지 아니하고 있는 사실이 있어
선하증권 양도자료 9,162건을 조사하여 부가가치세(추정세액 740억 1,463만원 상당)를 징수결정함과 동시에 앞으로 선하증권 양도자료를 수시 수집하여 과세자료로 활용하는 방안을 강구하도록 국세청에 통보
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