아직까진 물류가 전자상거래의 걸림돌로 작용하고 있다. 전자상거래를 활성화시키는 데 장애요인으로 작용되고 있는 물류분야의 문제점은 배달에 비용이 많이 소요되고 비효율적이라는 데 있다. 한 시장조사 회사가 온라인 쇼핑을 하는 사람들을 대상으로 실시한 조사에 의하면, 고객의 가장 중요한 기준 중의 하나는 제품의 적시배달로 집계되었다. 응답자 중의 "96%는 제품이 정시에 도착하면 같은 판매업체로부터 다시 구입할 확률이 높고, 재구입하는 고객은 첫번째로 거래하는 고객보다 평균 50% 이상을 소비한다"고 응답하였다.
구매자 뿐 아니라 쇼핑몰 업체들도 물류 문제로 많은 어려움을 겪고 있기는 마찬가지다. 현재 전자상거래에 참여하고 있는 업체에 따르면, 사업자의 운영 인력중 물류관련 인력의 비중이 가장 크며, 물류비가 전자상거래 매출액 대비 10∼30%에 이르는 정도로 물류비의 문제가 심각하다고 한다. 특히, 전자상거래의 주요 물품인 택배를 통한 3만원 이하의 소액거래시에 물류 부담은 더욱 크다. 물론, 전문배송업체 대신 우체국을 이용하는 방법도 있지만, 이러한 경우 비용은 저렴하나 상품이 파손되는 등의 문제점이 빈번히 발생하고 있다고 한다.
전자상거래는 기존의 상품구매 과정과는 달리 원거리에서 인터넷을 통해 고객이 상품을 주문하고 공급자는 주문된 상품을 여러 창고에서부터 여러 배송경로를 통하여 고객에게 상품을 전달하게 된다.
따라서 각 공급자는 전자상거래 환경에 맞는 고객서비스 방향 설정과 물류 및 배달체계를 새로운 차원에서 관리해야한다는 것이 전문가들의 조언이다.